Se riscontrate dei problemi con Apache e volete spostare le cartelle in cui risiedono i file, per cambiarlo dovete ovviamente specificarglielo.
Spostatevi nella cartella in cui avete tutte le configurazioni:
cd /etc/apache2/sites-available/
Selezionate quella che vi interessa (nel caso usiate quella di default dovrebbe essere questa):
sudo nano default-ssl.conf
E modificate la riga con la cartella che preferite
DocumentRoot /var/www/wordpress

Poi riavviate Apache con:
sudo service apache2 stop sudo service apache2 start