Purtroppo non è possibile evitare che questi vengano creati (perché vengono creati automaticamente dalle varie app come Preview, TextEdit ecc) però è possibile ogni tanto fare una pulizia con questo semplice comando da terminale:
rm ~/Library/Mobile\ Documents/com~apple~Preview/Documents/.[ABCDEF0123456789]*\.alias
Fonte: http://apple.stackexchange.com/questions/212680/turn-off-aliases-in-icloud-drive