Dopo aver visto come installarlo e come usarlo, non poteva mancare anche come rimuovere completamente (disintegrare, se proprio vogliamo usare il comando in italiano):
sudo gem install cocoapods-deintegrate cocoapods-clean pod deintegrate && pod clean rm Podfile
Ovviamente tutto eseguito da terminale e nel percorso del progetto con all’interno le dipendenze.